10月12日，按照国家防总副总指挥、水利部部长鄂竟平要求，水利部副部长叶建春主持召开会商会，分析研判台风动态和天气形势，安排部署强降雨防御工作。
会商强调，华南部分地区前期降雨偏少，水库蓄水不足，第16号台风带来的强降雨覆盖范围广、局部暴雨强度大，务必要高度重视，认真做好应对工作。要切实做好华南、西南等地中小河流洪水和山洪灾害防御工作，及时发布预警信息并提请基层政府做好危险区人员转移避险；加强水库、水电站巡查管护和科学调度，强化小型水库和病险工程的监督管理，在确保安全的前提下合理蓄水。同时，当前松花江通河、富锦江段仍然维持超警，要克服松懈情绪，加强超警堤段、险工险段巡查防守，并及时向应急部门通报雨水情预测预报成果。
会商会后，水利部向有关省（自治区）水利（水务）厅以及流域管理机构发出通知，要求做好强降雨防范工作，并派出2个工作组分赴广东、海南协助指导地方开展防汛工作。
